有限责任公司整体变更时，除注册资本外的资本公积、盈余公积及未分配利润转增股本，分以下几种情况进行纳税处理：

（1）资本公积、盈余公积及未分配利润中属于个人股东的部分

①根据《国家税务总局关于股份制企业转增股本和派发红股征免个人所得税的通知》（国税发[1997]198号）的规定，股份制企业用资本公积金转增股本不属于股息、红利性质的分配，对个人取得的转增股本数额，不作为个人所得，不征收个人所得税。但根据《国家税务总局关于原城市信用社在转制为城市合作银行过程中个人股增值所得应纳个人所得税的批复》（国税函发[1998]289号）规定，国税发[1997]198号文中所表述的“资本公积金”是指股份制企业股票溢价发行收入所形成的资本公积金，将此转增股本由个人取得的数额，不作为应税所得征收个人所得税，而与此不相符合的其他资本公积金分配个人所得部分，应当以“利息、股息、红利所得”项目征收个人所得税。

②盈余公积及未分配利润转增股本时应当缴纳所得税。股份制企业用盈余公积金及未分配利润转增股本属于股息、红利性质的分配，对个人取得的红股数额，应作为"利息、股息、红利所得"项目征收个人所得税。

（2）资本公积、盈余公积及未分配利润中属于居民企业股东的部分

①根据上述分析，股票（权）隘价发行形成的资本公积金转增股本，不属于利润分配，居民企业股东不缴纳企业所得税。

②留存收益（含盈余公积和未分配利润）进行转增时，视同利润分配。根据同税发[1997]198号文精神，对不属于股票（权）溢价发行所形成的资本公积转增，比照留存收益转增办理。

根据2008年1月生效的新的《企业所得税法》，“符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益”为免税收入。《财政部、国家税务总局关于执行企业所得税优惠政策若干问题的通知》（财税[2009]69号）规定，“2008年1月1日以后，居民企业之间分配属于2007年度及以前年度的累积未分配利润而形成的股息、红利等权益性投资收益”也是属于免税收入。因此，居民企业之间利润分配时，不管是否存在税率差，居民企业股东均不需要补缴所得税差额部分。

（3）资本公积、盈余公积及未分配利润中属于非居民企业股东的部分

①根据上述分析，股票（权）溢价发行形成的资本公积金转增股本，不属于利润分配，非居民企业股东也不缴纳企业所得税。

②留存收益（含盈余公积和未分配利润）以及不属于股票溢价发行所形成的资本公积转增股本，视同利润分配。这种情况下，非居民企业是否纳税分两种情况。

第一，在“中国境内设立机构、场所的非居民企业从居民企业取得与该机构、场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益”为免税收入。因此，这类非居民企业股东在上述条件下不缴纳企业所得税。但须注意对“在境内设立机构和场所”“取得的股息、红利与诙机构场所有实际联系”适用条件必须符合《企业所得税法》及其实施条例的规定。

第二，非居民企业在中国境内未设立机构、场所的，或者虽设立机构、场所但取得的所得与其所设机构、场所没有实际联系的，应当就其来源于中国境内的所得缴纳企业所得税。”这类非居民企业从居民企业取得利润分配额，属于从中国境内取得的“股息、红利等权益性投资所得”，按照“应纳税所得额x实际征收率”缴纳企业所得税，由利润分配企业代扣代缴。实际征收率是指《企业所得税法》及其实施条例等相关法律法规规定的税率（即10%），或者税收协定规定的更低的税率。同《财政部、国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税[2008]1号）规定，“2008年1月1日之前外商投资企业形成的累积未分配利润，在2008年以后分配给外国投资者的，免征企业所得税2008年及以后年度外商投资企业新增利润分配给外国投资者的，依法缴纳企业所得税。”因此，针对上述外商投资企业的外国投资者股东，公司整体变更时留存收益以及应纳税的其他资本公积总额，可扣除2008年1月1日之前形成的累计未分配利润后计算应纳税所得额。

有限公司以净资产折股整体变更为股份公司，类似于将有限公司的盈余公积、未分配利润等转增股本，实质上是对股东的分红。对于企业法人，有关法规规定国内企业之间直接股权投资取得的收益免税；对于自然人投资者，《关于进一步加强高收入者个人所得税征收管理的通知》（国税发[2010]54号）规定：“加强企业转增注册资本和股本特理，对以未分配利润、盈余公积和除股票溢价发行外的其他资本公积转增注册资本和股本的，要按照‘利息、股息、红利所得'项目，依据现行政策规定计征个人所得税。"

在实务中，主要有以下几种情况：

1. 直接缴纳：在有限公司整体变更为股份公司时，由公司代扣代缴个人所得税。

2. 缓缴：办理备案手续，经税务主管机关同意并出具备案表，暂缓缴纳个人所得税，待取得股利分红或股权转让时再征收。

3. 符合一定条件后免缴：对符合一定标准（如高新技术企业）的公司分配给个人的股利，并直接投入再生产的情况，予以免缴。

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